Η εκκλησία του Αγίου Λαζάρου αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους αρχαίους χριστιανικούς ναούς της Κύπρου. Ήταν γνωστό προσκύνημα από πολύ παλιά, αφού αποτελούσε μέχρι και τις πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα απαραίτητο συμπλήρωμα στο προσκύνημα των Αγίων Τόπων.
Ο ναός, που σώζεται μέχρι σήμερα, κτίστηκε πάνω στα ερείπια προϋπάρχουσας παλαιοχριστιανικής βασιλικής η οποία κάλυπτε τον τάφο του Αγίου Λαζάρου, στο τέλος του 9ου ή στις αρχές του 10ου αιώνα (μεταξύ των ετών 889 – 902 μ.Χ) από τον αυτοκράτορα του Βυζαντίου Λέοντα Στ΄ τον Σοφό, σε αντάλλαγμα για τη μεταφορά στην Κωνσταντινούπολη, μέσα στο διάστημα των ετών αυτών, του ιερού λειψάνου του Αγίου.
Αρχιτεκτονικά η εκκλησία του Αγίου Λαζάρου ανήκει στους πολύτρουλλους ναούς της Κύπρου. Αποτελεί, όμως, ιδιαίτερο τύπο, στον οποίο συνδυάζονται τρεις συνεπτυγμένοι εγγεγραμμένοι σταυροειδείς με τρούλλο. Είναι τρίκλιτη, με τρεις τρούλους στο μεσαίο κλίτος (η μόνη παρόμοια εκκλησία που σώζεται στην Κύπρο είναι το καθολικό της μονής του Αποστόλου Βαρνάβα). Τα ημισφαίρια των τριών αυτών τρούλων έχουν καταρριφθεί από τον καιρό της Τουρκοκρατίας, είτε από τους Τούρκους είτε από σεισμό. Το 1735, όταν ο Ρώσος μοναχός Β. Μπάρσκυ επισκέφτηκε τη Λάρνακα και τον ναό, ήταν ήδη κατεστραμμένα.
Στα τέλη της Φραγκοκρατίας κτίστηκε η στοά που διατρέχει τη νότια πλευρά του ναού. Το 1857 κτίστηκε το σημερινό επιβλητικό καμπαναριό, το πιο μεγάλο που υπάρχει στην Κύπρο. Παλαιότερα υπήρχε άλλο το οποίο κατερρίφθη από τους Τούρκους, οι οποίοι δεν επέτρεπαν την ύπαρξη καμπάνων στους χριστιανικούς ναούς. Μόλις το 1856 το επέτρεψαν, ύστερα από την απαίτηση της ορθόδοξης χριστιανικής Ρωσίας. Εν τούτοις, ο ναός του Αγίου Λαζάρου είχε καμπάνες σε ξύλινο ικρίωμα πολύ πριν το 1856, γενόμενες σιωπηρά ανεκτές από τους Τούρκους, κι αυτό γιατί οι Λαρνακείς είχαν πολύ μεγαλύτερη ελευθερία κινήσεων λόγω της ύπαρξης των ξένων Προξενείων και μεγάλης ευρωπαϊκής παροικίας στην πόλη τους.
Η αρχιτεκτονική του ναού, σπάνιου αρχαίου ρυθμού, εντυπωσίαζε πάντα τους επισκέπτες, δικούς μας και ξένους. Γενικά θεωρείται η ωραιότερη και η εντυπωσιακότερη εκκλησία στην Κύπρο.
Το επίχρυσο ξυλόγλυπτο εικονοστάσι, εξαιρετικής τέχνης, θεωρείται ένα από τα αξιολογότερα στην Κύπρο και χρονολογείται μεταξύ των ετών 1773 και 1782. Μέχρι το 1797 συμπληρώθηκε η αγιογράφησή του από τον αγιογράφο Μιχαήλ Προσκυνητή ή Χατζημιχαήλ. Το τέμπλο κοσμούν συνολικά 120 μεγάλες και μικρές εικόνες θαυμάσιας τέχνης. Αριστούργημα ξυλογλυπτικής αποτελεί και η αγία Τράπεζα, έργο κι αυτό του 1773 και ο δεσποτικός θρόνος, ο οποίος φέρει εικόνα του αγίου Λαζάρου με χρονολογία 1734.
Από τις εικόνες αξιοπρόσεκτες είναι η παλαιά του αγίου Λαζάρου, ως Επισκόπου, φέροντος πολυσταύριο φελόνιο (16ου αι.), δύο της αναστάσεως του αγίου, μια της Παναγίας με ρωσικό διάκοσμο, μια του αγίου Νικολάου και μια του αγίου Γεωργίου (1717, έργο Ιακώβου Μόσκου του Κρητός), τοποθετημένες σε ιδιαίτερα ξυλόγλυπτα τέμπλα. Η άλλη μεγάλη εικόνα του αγίου Λαζάρου στο εικονοστάσι έχει επίχρυσο διάκοσμο του 1798. Παλαιότερα φαίνεται ότι ολόκληρος ο ναός ήταν αγιογραφημένος. Σημαντικός είναι επίσης ο άμβων, έργο του 1731, κι ένας χρυσοκέντητος Επιτάφιος του 1719.
Δεκάδες βυζαντινές εικόνες του παλαιότερου εικοναστασίου και πολλά άλλα εκκλησιαστικά κειμήλια τα οποία βρίσκονταν στο Μουσείο του ναού και τα οποία το 1948 μεταφέρθηκαν στο Κάστρο όπου στεγαζόταν τότε το Επαρχιακό Μουσείο Λάρνακος, έπεσαν στα χέρια των Τούρκων κατά την τουρκοκυπριακή ανταρσία του 1963 και χάθηκαν.
Στους περασμένους αιώνες ο ναός, με τα 20 περίπου κελλιά που είχε γύρω-γύρω, λειτουργούσε ως μοναστήρι. Τον καιρό της Φραγκοκρατίας μετατράπηκε σε λατινικό μοναστήρι. Όταν οι Τούρκοι κατέλαβαν την Κύπρο το 1571, κατακράτησαν τον ναό μέχρι το 1589 οπότε τον έδωσαν πίσω στους Ορθοδόξους για 3000 άσπρα. Ταυτόχρονα, δόθηκε το δικαίωμα στους Λατίνους να λειτουργούν δύο φορές το χρόνο στο βόρειο κλίτος, δικαίωμα που καταργήθηκε το 1794.
Στη ΒΔ πλευρά του περιβόλου του ναού βρίσκεται μικρό κοιμητήριο Διαμαρτυρομένων, με ωραίους μαρμαρόγλυπτους τάφους Ευρωπαίων κ.α., της περιόδου 1680, περίπου, μέχρι τα μέσα του 19ου αιώνα.
Όταν κατά τον 18ο, κυρίως, αιώνα η περιοχή της Σκάλας άρχισε να αναπτύσσεται και να γίνεται μια δεύτερη πόλη κοντά στην παλιά Λάρνακα, ο Άγιος Λάζαρος έγινε ο ενοριακός ναός της και ως τέτοιος παραμένει μέχρι σήμερα. Είχε πάντα μοναστηριακό τυπικό, με πολυπληθές ιερατικό προσωπικό, κι οι ιεροτελεστίες γίνονταν με πολλή επισημότητα και μεγαλοπρέπεια. Μέχρι σήμερα αποτελεί τον πιο επίσημο ναό της Λάρνακας.
Ο ναός αυτός δέθηκε κατά τρόπο μοναδικό με τη ζωή των πολιτών της Λάρνακας. Για δυόμιση τουλάχιστον αιώνες – από τον 18ο οπότε σχηματίστηκε η Σκάλα, μέχρι τα μέσα, σχεδόν, του 20ού αιώνα – ήταν το θρησκευτικό, εθνικό, φιλανθρωπικό και εκπαιδευτικό κέντρο της πόλης.
Στον τομέα της Παιδείας η συμβολή του ναού υπήρξε καθοριστική για την πόλη. Οι ιερείς και οι επίτροποι του ναού μερίμνησαν να ιδρυθούν δημόσια σχολεία. Στα μέσα του 19ου αιώνα μετέτρεψαν τα τότε ιδιωτικά σε δημόσια, τα οποία και συντηρούσε μαζί με την ιερά μονή Αγίου Γεωργίου του Κοντού, μέχρι και τις πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα. Στη δυτική πλευρά του περιβόλου υψώνεται το κτίριο του «Δημόσιου Αλληλοδιδακτικού Σχολείου», που ίδρυσε ο ναός του 1857.
Όσον αφορά τη σημασία που είχε παλαιότερα ως ιερό προσκύνημα, ξένος περιηγητής του 1856, έγραφε μεταξύ άλλων και τα εξής: «Ο Λάζαρος έζησε και πέθανε εδώ… Τα οστά του τοποθετήθηκαν σε εκκλησία αφιερωμένη στον ίδιο, κι όταν άνθισε η μόδα των προσκυνημάτων, λίγα προσκυνήματα μπορούσαν να διεκδικήσουν μεγαλύτερη ιερότητα ή φήμη από εκείνο του Αγίου Λαζάρου στη Σαλίνα (Αλυκή). Η εκκλησία υπάρχει ακόμη ως καθεδρικός ναός του Έλληνα μητροπολίτη και αποτελεί ένα από τα ωραιότερα δείγματα της παλαιότερης βυζαντινής αρχιτεκτονικής… Τα λεπτεπίλεπτα ξυλόγλυπτα (του τάφου του αγίου) και τα απομεινάρια των πλουσίων διακοσμήσεών του βεβαιώνουν το περασμένο μεγαλείο του. Χιλιάδες προσκυνητές μαζεύονταν από τα πιο απόμακρα μέρη του νησιού, όταν ο Χριστιανισμός άκμαζε στην Κύπρο, για να εκφράσουν την πίστη τους μπροστά στον τάφο του αγίου Λαζάρου… Σ’ ολόκληρη τη σημερινή Κύπρο δεν υπάρχει ιερότερος τόπος».
Ο μνημειώδης αυτός ναός αποτελεί στολίδι της Λάρνακος. Πριν από δυόμιση αιώνες ο Ρώσος μοναχός Βασίλειος Βάρσκυ έγραφε πολύ χαρακτηριστικά: «Παρά την αποβάθρα ευρίσκεται ο ναός του Αγίου Λαζάρου, ευρύχωρος και υψηλός, στερεά ωκοδομημένος, ως βασιλικόν παλάτιον…».