Η αρχική εκκλησία ήταν παλαιοχριστιανική τρίκλιτη βασιλική του 5ου αιώνα, από την οποία σώζονται σήμερα η ημικυκλική αψίδα του ιερού με το σύνθρονο και το περίφημο ψηφιδωτό, το οποίο χρονολογείται στα τέλη του 5ου ή αρχές του 6ου αιώνα.Το υπόλοιπο τμήμα του σημερινού ναού είναι του 11ου αιώνα, του τύπου του εγγεγραμμένου σταυροειδούς με τρούλο και κτίστηκε στα ερείπια της παλαιοχριστιανικής βασιλικής ενσωματώνοντας τη διασωθείσα αψίδα με το ψηφιδωτό.
Στο ναό σώζονται διάφορες τοιχογραφίες του 11ου-14ου αιώνα και μερικές αξιόλογες βυζαντινές εικόνες (όπως η μεγάλη εικόνα του αρχαγγέλου Μιχαήλ στο εικονοστάσι και του αγίου Ιωάννου του Θεολόγου (λυπητερό).Το περίφημο ψηφιδωτό του ναού το οποίο παρουσιάζει την Παναγία με το Χριστό ανάμεσα στους Αρχαγγέλους Μιχαήλ και Γαβριήλ, είναι από τα ελάχιστα της περιόδου αυτής (5ος-6ος αι.) που σώθηκαν σ ’όλο τον κόσμο. Είναι, ακόμη, η παλαιότερη εικόνα της Θεοτόκου στην Κύπρο και, στο σημείο αυτό, είναι χαρακτηριστική η ονομασία της ¨Η αγία Μαρία¨, αντί ¨Μήτηρ Θεού¨ που καθιερώθηκε μετά την Γ΄ Οικουμενική Σύνοδο. Είναι αρίστης τέχνης και παραβάλλεται προς τα βυζαντινά ψηφιδωτά του Αγίου Βιταλίου της Ραββένας (6ου αι.) με τα οποία έχει πολλές ομοιότητες.Το 12ο αιώνα προστέθηκε στη βόρεια πλευρά της εκκλησίας μικρό καμαροσκέπαστο παρεκκλήσι αφιερωμένο στους Αγίους Αναργύρους, με τοιχογραφίες του 15ου αι. και
άλλες παλαιότερες. Κατά το 14ο αιώνα, κατά τη διάρκεια της Φραγκοκρατίας προστέθηκε στη νότια πλευρά λατινικό παρεκκλήσι, καλυμμένο με γοτθικά σταυροθόλια.Η ονομασία «αγγελόκτιστη» οφείλεται στην παράδοση ότι κτίστηκε από τους αγγέλους. Ο R.Gunnis τη θεωρεί ως την ωραιότερη απ’ όλες τις εκκλησίες των χωριών της Κύπρου.